肝微粒體是體外研究一個化合物的代謝（酶抑制、清除率和代謝鑒定）以及藥物-藥物相互作用的主要工具。通常根據特定細胞色素酶的活性水平來選擇微粒體。
在化合物早期發現階段，為了初步評估化合物在體內被代謝清除的風險，采用化合物與肝微粒體在體外共孵育一段時間后，通過檢測藥物濃度的變化來反映化合物的穩定性，即為肝微粒體代謝穩定性測試。
作為早期化合物篩選中的重要一環，準確地認識該項測試結果對于化合物性質的判斷十分重要。由于認識的不足，對于LMS的結果，非常容易產生錯誤的理解和判斷。
很多誤區的造成是對體外試驗體系和體內條件差異認識的不足，LMS的測試與體內清除過程的差別主要有五點。
1、體外試驗體系中化合物與酶含量的相對比例可能有差別；
2、化合物在體外是靜態的，與代謝酶時時刻刻接觸的，而體內的血液或組織液交換是動態的，藥物分子一旦逃離肝臟部位就接觸不到肝臟代謝酶了；
3、體外我們與微粒體孵育的化合物是全游離的狀態，而體內的化合物是先與血漿蛋白接觸之后，只有未與血漿蛋白結合的藥物才有機會與肝臟代謝酶結合；
4、體外化合物是無障礙的與代謝酶接觸，而體內化合物想要接觸肝細胞中的代謝酶首先就需要跨過肝細胞膜的障礙；
5、體內可能包含除了肝微粒體之外的代謝酶。
基于如上三點差別，一類固有清除率很高的化合物，但是其PPB水平很高，大量的藥物在接觸肝臟代謝酶之前就被血漿蛋白抓走了，從而會導致其體內的清除率也沒那么高。
