小鼠破骨細胞進行培養過程中的威脅就是細胞污染，凡是混入細胞培養環境中，對細胞生存有害的成分和造成細胞不純的異物都應視為污染。細胞一旦遭到污染，所有的實驗結果都會變得毫無意義。因此，及時檢測并鑒定出所培養的細胞是否被污染至關重要。
細胞培養實驗室要求保持無菌操作，避免微生物及其他有害因素的影響。細胞培養室要相對封閉，潔凈無塵，設有緩沖間。
對實驗室進行定期清掃、紫外消毒是避免細胞培養過程中由于實驗室環境引起細胞污染的主要措施，此外，實驗室內不要放太多雜物，保持實驗室干燥，有利于降低因實驗室條件引起的細胞污染率。
小鼠破骨細胞培養過程中實驗人員是否操作規范，是否嚴格遵守無菌工作流程，是細胞污染的一個主要因素。操作人員進培養室前，必須先洗手，在緩沖間換穿專用實驗服和拖鞋，嚴禁在實驗進行時頻繁出入培養室。實驗后應將實驗產生的廢物和廢液及時清理出培養室，并清潔無菌工作臺。
細菌和真菌污染很容易被檢測，因為受到細菌、真菌污染的細胞，培養過程中培養基會出現肉眼可見的明顯特征。細菌污染會導致培養基出現渾濁、顏色改變以及pH值急劇變化，受污染的貼壁細胞在幾天內會逐漸脫壁死亡。真菌污染后的細胞生長速度變慢，培養基中會漂浮白色、淺黃色或黑色的小點。
因此，通過觀察培養基的顏色、漂浮物、pH值或在顯微鏡下觀察小鼠破骨細胞及其生長狀態，從而能初步判斷該細胞是否受細菌、真菌污染。
也可以使用培養檢測法：將細胞培養物在各類培養基中適溫培養若干天后，觀察是否有細菌或真菌生長。
